Sau khi nhà Mạc thành lập, một số đại thần nhà Lê không thần phục, muốn khôi phục lại nhà Lê. Anh em Trịnh Ngung, Trịnh Ngang sang Trung Quốc cầu viện nhà Minh nhưng nhà Minh không đáp ứng. Hai anh em chết già ở Trung Quốc. Năm 1528, tông thất nhà Lê là Lê Ý khởi binh chống Mạc tại Thanh Hóa nhưng đến năm 1530 bị dẹp tan.

Từ năm 1529, một tướng của nhà Lê sơ là Nguyễn Kim chạy vào vùng núi Thanh Hóa rồi sang Ai Lao chống nhà Mạc. Kim tìm được con vua Chiêu Tông là Lê Ninh đưa lên ngôi tại Ai Lao, tức Lê Trang Tông. Nguyễn Kim mang quân về nước đánh chiếm Thanh Hóa, mở đầu cho giai đoạn Chiến tranh Lê-Mạc và Nam Bắc triều. Khi dẹp được họ Mạc, họ Trịnh lên nắm quyền, vì Lê Trung Tông con Lê Trang Tông không có con nối ngôi, Trịnh Kiểm đã sai người tìm cháu họ Lê để lập lên ngôi. Sau đó tìm được cháu của Lê Trừ, anh thứ hai của Thái Tổ Lê Lợi là Lê Duy Bang, lập lên ngôi, tức là Lê Anh Tông. Từ đó, các vua nhà Lê Trung Hưng không còn là dòng chính mạch của Lê Thái Tổ Lê Lợi.

Từ cuối nhà Lê sơ đến thời kì Trịnh-Nguyễn phân tranh là khoảng thời gian chính quyền nhà Lê suy yếu. Các thế lực Trịnh-Nguyễn dưới danh nghĩa phò Vua Lê nhưng thực chất hình thành hai nhà nước riêng biệt, gây ra chiến tranh. Việt Nam bị chia cách cho đến đầu thế kỷ 19.